Le SISMER est très présent dans les paysages nationaux et internationaux de la gestion des données marines. Les coopérations peuvent être de type « échanges entre institutions » ou de type « coopération technique ».

On notera en particulier la coopération avec les centres nationaux de données océanographiques qui se fait sous la coordination de IODE le programme "International Oceanographic Data and Information Exchange" de la Commission Océanographique Intergouvernementale (COI) de l’UNESCO.

La coopération peut être plus technique ou fonctionnelle et se faire au travers de projets européens comme SeaDataNet / SeaDataCloud ou CMEMS – Copernicus Marine environment monitoring service.

Au niveau français, le SISMER est un important acteur du Pôle Odatis (Des données et des services pour l'Océan). Odatis se propose d’être le point d’entrée national unique pour l’accès aux données d’observation de l’océan.