Échelle du projet : Internationale

Dates : 2023 - 2027 
 

Notre rôle : hébergeur informatique et co-exploitation applicative avec le LOV 
 

Financeurs : Pas de financeurs 
 

Partenaires : LOV-IMEV-Sorbonne Université, EMBRC-France et Ifremer

Lien vers le site : https://ecotaxa.obs-vlfr.fr/ (actuel) et https://ecotaxa.ifremer.fr (a terme)

Description : ECOTAXA est une application web dédiée, développée en Open Source et conçue d'après un cahier des charges élaboré à partir de retours d'utilisateurs expérimentés de méthodes d'imagerie, à l'échelle mondiale. Elle permet de classer des images d'organismes en utilisant la base de données de taxonomie phylogénique de référence WoRMS. Les images d'organismes, leurs descripteurs issus de l'analyse des images brutes et les métadonnées associées (géolocalisation, campagne, engins d'échantillonnage, traitement des éventuels échantillons, etc.) peuvent être importés simultanément et bancarisés dans l'application. Les images d'objets non identifiés et les données associées peuvent être identifiées et triées (classification automatique à base d'algorithme d'apprentissage machine et d'IA). Les utilisateurs enregistrés peuvent ensuite valider explicitement cette classification automatique ou corriger et/ou améliorer le tri en visualisant les images d'objets individuels via une interface web dédié. Toutes les actions sont enregistrées afin de permettre un contrôle qualité.

ECOTAXA présente une interface utilisateur optimisée pour la visualisation, le tri et l'annotation d'images biologiques, et embarque des outils de deep-learning et de machine-learning classique pour accélérer et faciliter le travail de curation des données. L'application est accessible et utilisable via un simple navigateur web, et permet le partage sécurisé de données entre utilisateurs (travail collaboratif), le versionning (sauvegarde), et la mise à disposition publique de tout ou partie des jeux de données qu'elle héberge (publication et open science).  Actuellement, l'application est développée, hébergée et gérée au LOV (UMR CNRS-Sorbonne Université), à Villefranche sur Mer, et fait l'objet d'un service dans le cadre de l'EMBRC France.

ECOTAXA héberge aujourd'hui plus de 130 millions d’objets, dont 40% sont classifiés. Les images sont issues d'une grande variété d'instruments (ZooScan, FlowCam, UVP5, Cytométrie en flux, ZooCAM, microscopie optique etc.), appartiennent à près de 300 institutions, qui représentent environ 1000 utilisateurs répartis dans le monde entier, et représentent une couverture globale. La base de données hébergée par ECOTAXA est la plus importante base de données planctoniques au monde en termes de nombre d'objets individuels mesurés (taille), identifiés et géoréférencés.

Actuellement, l'infrastructure hébergeant ECOTAXA est gérée par des personnels de l’Observatoire de l’Institut de la Mer de Villefranche-sur-mer (IMEV). Ce qui au départ était un projet technique associé à un projet de recherche (Oceanomics, Grand Emprunt 2013) est maintenant devenu une plateforme de bancarisation, de tri et d'identification d'organismes marins de dimension internationale au succès croissant. L'IMEV est maintenant confronté à une situation où un changement d'échelle devient nécessaire pour la pérennité de la maintenance, l'évolution et l'utilisation de l'application.

L’hébergement d’une telle plateforme s'inscrit aussi dans une démarche à long terme impliquant une ouverture de son utilisation vers des domaines scientifiques divers. Aujourd’hui essentiellement dédiée au plancton (zooplancton), cette plateforme pourrait, à moyen terme et en effectuant les développements informatiques nécessaires, accueillir des images venant de multiples sources instrumentales et à des échelles spatio-temporelles et biologiques multiples.

L’hébergement et la participation au pilotage d’une telle plateforme permettrait assurément à l'Ifremer de se positionner comme un acteur de référence en imagerie pour les sciences marines, en France et à l'international.