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échelle

Échelle du projet : Européenne

dates

Dates : 2023 - 2026

rôle

Notre rôle : Coordonner et contribuer à construire des workbenches (bancs d'essai) permettant l'analyse et la qualification des gros jeu de données de différents intégrateurs de données in situ européens et internationaux.

financeurs

Financeurs : Le projet Blue Cloud 2026 est financé par projet Horizon Europe et DG-RTD de la comission européenne.

partenaires

Partenaires :

  • Trust-IT (coordinateur)
  • 40 partenaires européens

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Lien vers le site : https://blue-cloud.org/

description

Description : A federated European FAIR and open research ecosystem for oceans, seas, costal and inland waters - Blue Cloud 2026 est un projet qui vise à construire une plateforme IT virtuelle pour la recherche marine collaborative. L'objectif de la plateforme est qu'elle serve de démonstrateur pour le futur jumeau numérique européen de l'océan.

échelle

Échelle du projet : Internationale

dates

Dates : 2023 - 2027 
 

rôle

Notre rôle : hébergeur informatique et co-exploitation applicative avec le LOV 
 

financeurs

Financeurs : Pas de financeurs 
 

partenaires

Partenaires : LOV-IMEV-Sorbonne Université, EMBRC-France et Ifremer

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Lien vers le site : https://ecotaxa.obs-vlfr.fr/ (actuel) et https://ecotaxa.ifremer.fr (a terme)

description

Description : ECOTAXA est une application web dédiée, développée en Open Source et conçue d'après un cahier des charges élaboré à partir de retours d'utilisateurs expérimentés de méthodes d'imagerie, à l'échelle mondiale. Elle permet de classer des images d'organismes en utilisant la base de données de taxonomie phylogénique de référence WoRMS. Les images d'organismes, leurs descripteurs issus de l'analyse des images brutes et les métadonnées associées (géolocalisation, campagne, engins d'échantillonnage, traitement des éventuels échantillons, etc.) peuvent être importés simultanément et bancarisés dans l'application. Les images d'objets non identifiés et les données associées peuvent être identifiées et triées (classification automatique à base d'algorithme d'apprentissage machine et d'IA). Les utilisateurs enregistrés peuvent ensuite valider explicitement cette classification automatique ou corriger et/ou améliorer le tri en visualisant les images d'objets individuels via une interface web dédié. Toutes les actions sont enregistrées afin de permettre un contrôle qualité.

ECOTAXA présente une interface utilisateur optimisée pour la visualisation, le tri et l'annotation d'images biologiques, et embarque des outils de deep-learning et de machine-learning classique pour accélérer et faciliter le travail de curation des données. L'application est accessible et utilisable via un simple navigateur web, et permet le partage sécurisé de données entre utilisateurs (travail collaboratif), le versionning (sauvegarde), et la mise à disposition publique de tout ou partie des jeux de données qu'elle héberge (publication et open science).  Actuellement, l'application est développée, hébergée et gérée au LOV (UMR CNRS-Sorbonne Université), à Villefranche sur Mer, et fait l'objet d'un service dans le cadre de l'EMBRC France.

ECOTAXA héberge aujourd'hui plus de 130 millions d’objets, dont 40% sont classifiés. Les images sont issues d'une grande variété d'instruments (ZooScan, FlowCam, UVP5, Cytométrie en flux, ZooCAM, microscopie optique etc.), appartiennent à près de 300 institutions, qui représentent environ 1000 utilisateurs répartis dans le monde entier, et représentent une couverture globale. La base de données hébergée par ECOTAXA est la plus importante base de données planctoniques au monde en termes de nombre d'objets individuels mesurés (taille), identifiés et géoréférencés.

Actuellement, l'infrastructure hébergeant ECOTAXA est gérée par des personnels de l’Observatoire de l’Institut de la Mer de Villefranche-sur-mer (IMEV). Ce qui au départ était un projet technique associé à un projet de recherche (Oceanomics, Grand Emprunt 2013) est maintenant devenu une plateforme de bancarisation, de tri et d'identification d'organismes marins de dimension internationale au succès croissant. L'IMEV est maintenant confronté à une situation où un changement d'échelle devient nécessaire pour la pérennité de la maintenance, l'évolution et l'utilisation de l'application.

L’hébergement d’une telle plateforme s'inscrit aussi dans une démarche à long terme impliquant une ouverture de son utilisation vers des domaines scientifiques divers. Aujourd’hui essentiellement dédiée au plancton (zooplancton), cette plateforme pourrait, à moyen terme et en effectuant les développements informatiques nécessaires, accueillir des images venant de multiples sources instrumentales et à des échelles spatio-temporelles et biologiques multiples.

L’hébergement et la participation au pilotage d’une telle plateforme permettrait assurément à l'Ifremer de se positionner comme un acteur de référence en imagerie pour les sciences marines, en France et à l'international.

échelle

Échelle du projet : Eurorpéenne

dates

Dates : 2022-2025

rôle

Notre rôle :

financeurs

Financeurs :

partenaires

Partenaires : CNRS, au travers de l'Infrastructure de Recherche Data Terra, au sein d'un consortium de 26 partenaires.

description

Description :Sur les 3 prochaines années, l'objectif du projet FAIR-EASE est d'implémenter des services distribués et intégrés pour l’observation et la modélisation du système terrestre, de l’environnement et de la biodiversité en collaboration avec les communautés d’utilisateurs, l’European Open Science Cloud (EOSC) et les infrastructures de recherche européennes.

FAIR-EASE vise à implémenter deux types de services : un outil basé sur les principes FAIR pour la découverte et l’accès à des ensembles de données environnementales multidisciplinaires et des services de traitement, d'analyse et de visualisation de données sur demande et à distance, se basant sur la connectivité EOSC et par le biais d'interfaces web. L'utilisateur pourra ainsi accèder à un environnement virtuel de recherche et d'analyse, saisir son propre code, accéder à une pluralité d'outils adaptés au traitement et à l'analyse à la demande de données environnementales volumineuses, pour réaliser son analyse en ligne, sur moyens distants.

échelle

Échelle du projet :  Internationale

dates

Dates : 2020 - 2030

rôle

Notre rôle : Collaborateur du projet à plusieurs niveaux : inventaire de données, mise à disposition de données, qualification de la donnée, traitements de données et réalisations de modèles numériques

financeurs

Financeurs : Le projet Seabed 2030 est basé sur le volontariat et sur les efforts des instituts. Financement possible de tronçons d’acquisition de données lors de transit. Le projet Seabed 2030 est co-sponsorisé par Nippon Fondation et GEBCO

partenaires

Partenaires :

  • GEBCO (porteur du projet avec Nippon Foundation)
  • De nombreux instituts de recherche et universités sont partenaires de ce projet (BODC, AWI, NOC, UNH, ...)

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Lien vers le site : https://seabed2030.org/

description

Description : Le projet Seabed 2030 est un projet collaboratif entre la Nippon Foundation of Japan et la General Bathymetric Chart of the Oceans (GEBCO) dont l’objectif est de rassembler toutes les données bathymétriques disponibles au niveau mondial afin de cartographier l'ensemble des océans à l'horizon 2030. 4 centres régionaux sont chargés d’identifier les données existantes dans leur zone géographique attitrée, d’organiser et coordonner des campagnes océanographiques dans les zones peu ou pas sondées, et de développer des outils de collecte de métadonnées et de traitements de données. Le centre de données global est chargé de produire et diffuser les produits bathymétriques à une résolution de 100 mètres. L’Ifremer est un acteur majeur au niveau mondial dans la cartographie des océans. L’Ifremer se positionne à la fois au travers de son patrimoine de données (base de données SISMER) et également au travers de son rôle actif sur des projets à objectifs similaires (projet EMODnet Bathymetry)