Depuis 2011, le Centre de Données fait partie du département « Infrastructures de Recherche et Systèmes d’Informations » (IRSI) à l’Ifremer, et travaille également en étroite collaboration avec le service VIGIES  (Valorisation de l'Information pour la Gestion Intégrée Et la  Surveillance) situé à Nantes qui prend en charge et gère les données d’environnement littorales.

C'est dans ce cadre que les équipes du service « Systèmes d’Informations scientifiques pour la Mer » (SISMER) 

• recueillent les besoins des fournisseurs de données et assurent le support aux utilisateurs
• participent à la définition, à l’administration et à l’évolution des Systèmes d’Information.
• contribuent à la mise en place et au développement des outils de présentation et de croisement des données susceptibles de leur apporter une « valeur ajoutée ».

en collaboration avec les équipes de deux autres services techniques du département, d’une part de « Ingénierie des Systèmes d'Information » (ISI) qui

• conçoivent, développent et font évoluer des outils informatiques pour permettre de bien gérer et de faire vivre les Systèmes d’Information. Ils s’appuient sur les compétences métiers du SISMER en gestion de données pour décider des fonctionnalités des outils à développer.
• forment également le personnel du SISMER lors de la mise en exploitation de leurs différents logiciels et l’assiste, quand nécessaire, dans leur utilisation.
• s’appuient sur les compétences de RIC en matière de système et de réseau. Les solutions d’architecture et d’exploitation qu’ISI propose sont donc définies en collaboration avec ces deux services, dans le cadre des projets et programmes de l’Ifremer.

et d’autre part de « Ressources Informatiques et Communications » (RIC) qui

• assurent la mise en œuvre et l’exploitation des architectures matérielles et logicielles.
• réalisent des études prospectives préalables sur les évolutions des architectures informatiques et des services qu’ils déploient.
• travaillent sur l’optimisation des performances.
• sécurisent les réseaux et les infrastructures matérielles.