Le département Infrastructures de Recherche et Systèmes d’Information (IRSI) met l'accent sur les partenariats avec les autres centres de données marines européens.
Cette démarche est permise grâce à la possibilité, offerte par les appels à projets de la DG-Recherche de la Commission Européenne, de financer le développement de l’interopérabilité et la mise en réseaux des centres au titre des Infrastructures de Recherche (ou des infrastructures électroniques). L'objectif de la Commission est de fédérer les équipes scientifiques autour d’outils mis en commun et de jeux de données de référence couvrant l’ensemble des mers adjacentes à l’Europe.
Au niveau international, le SISMER est impliqué dans la gestion de données pour plusieurs grands programmes d'observation d'océanographie opérationnelle. Cela a permis la mise en place de partenariats aux échelles globales et régionales au sein d'une organisation structurée.