Une des missions du SISMER est de rendre interopérable toutes les données océanographiques qu’ils reçoivent de la part des scientifiques (ce qui correspond à plusieurs milliards de données au total, et à des milliers d’observations supplémentaires chaque jour). Cela signifie que les systèmes informatiques où ces données sont stockées doivent pouvoir s’adapter avec d’autres systèmes indépendants, créant un réseau où il est simple de transférer des données et par conséquent plus simple de collaborer. Plus simplement dit, les données archivées doivent être lisibles et compréhensibles partout à travers le globe (quel que soit leurs unités, le moyen grâce auquel elles ont été récupérées ou encore leurs domaines) pour en permettre une utilisation efficace.

Parce qu’une approche interdisciplinaire est nécessaire à des études de type « éco-systémiques » ou de « gestion intégrée », les systèmes d’informations deviennent des outils permettant :

• l'accès à des ensembles de données ayant un périmètre spatial, temporel ou thématique étendu ( L’interopérabilité permet donc de s’affranchir des limites spatiales, temporelles et disciplinaires),
• la communication entre des équipes pluridisciplinaires,
• la diffusion de l’information produite.

Cette interopérabilité doit être déclinée sur : 

• les plans techniques (protocoles de communications, formats d’échanges, disponibilité des composants), 
• les plans thématiques : harmonisation des référentiels et des descriptifs (métadonnées), des procédures de qualification.

La promotion de l’interopérabilité doit aboutir à la création de réseaux de centres de données, capables d’archiver et de diffuser des jeux de données agrégés et cohérents.