La biologie est la science du vivant. Elle étudie aussi bien la faune et la flore que leur environnement. Les données mesurées sont issues de plusieurs sources : les campagnes à la mer et les réseaux de surveillance. Elles sont complétées par les recherches réalisées dans le domaine de l’halieutique et de l’aquaculture.

Les données issues des réseaux de surveillance

Les réseaux de surveillance mis en place par l’Ifremer sont à l’origine de résultats sur la plupart des paramètres physiques, chimiques et biologiques de description de l'environnement. Ces données sont liées à la surveillance environnementale ainsi qu’à la surveillance sanitaire au travers des thématiques suivantes :

Le benthos

Le benthos regroupe l'ensemble des organismes vivant en relation étroite avec les grands fonds. On distingue :

• le benthos végétal ou phytobenthos (algues et phanérogames),
• le benthos animal ou zoobenthos (vers, mollusques, crustacés, poissons, etc.) parmi lequel se différencient la faune située en surface (ou épifaune) et celle qui vit à l'intérieur du sédiment (endofaune).

Les écosystèmes benthiques, qui intègrent les caractéristiques écologiques locales, sont soumis aux fluctuations naturelles ou générées par les activités humaines : ils constituent en cela des témoins permanents de l'état de l'environnement.

Dans le cadre du REBENT (Réseau Benthique : projet qui recueille des données relatives aux habitats dans les zones côtières), on s'intéresse uniquement au macrobenthos marin (organismes dont la taille est supérieure à 1 mm).

La microbiologie sanitaire

Du fait de la grande variété de microorganismes pathogènes (bactéries, virus, protozoaires) dans les eaux littorales, et de leur présence très irrégulière, le contrôle sanitaire se fonde sur le dénombrement des bactéries Escherichia coli (E. coli) ou "germes tests de contamination fécale" comme test de base.

En effet, la quasi-totalité des microorganismes pathogènes identifiés dans les eaux littorales sont de provenance fécale, humaine ou animale, et sont, en permanence, accompagnés d'E. coli en grande abondance.

Le phytoplancton et les phycotoxines

Le REPHY (Réseau d’Observation et de Surveillance du Phytoplancton et des Phycotoxines), mis en place par Ifremer, a pour mission la surveillance régulière des coquillages dans leur milieu naturel (parcs, gisements). Il a ainsi pour objectifs :

• d'observer l'ensemble des espèces phytoplanctoniques des eaux côtières,
• recenser les événements tels que les eaux colorées, les efflorescences exceptionnelles et les proliférations d'espèces toxiques ou nuisibles pour la faune marine,
• de surveiller plus particulièrement les espèces produisant des toxines dangereuses pour les consommateurs de coquillages.

Les cheptels conchylicoles

Le RESCO (Réseau d'Observations Conchylicoles) assure le suivi, sur l'ensemble du littoral français, de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas représentatifs de la production française. Leur suivi permet d'acquérir des données nationales sur leur croissance, leur mortalité et sur les performances d’élevage et ainsi de participer à la compréhension des phénomènes observés. En parallèle, des données associées à la présence d’agents infectieux dans ces huîtres, ainsi que des variables environnementales (température, salinité, flores sur certains sites) sont acquises.

Le réseau REPAMO (Réseau de Pathologie des Mollusques) quant à lui assure la surveillance de l’état de santé des mollusques du littoral français métropolitain, qu’ils soient sur des gisements naturels ou en élevage.

Les données de biologie benthique profonde

Les données de biologie benthique profonde sont issues de campagnes à la mer mettant en œuvre des équipements de prélèvements, d’observation et de mesure de la faune proche du fond et de son environnement physico-chimique. Ces opérations d’études faunistiques peuvent être menées soit depuis le navire de surface, soit en mettant en œuvre un submersible ou des mouillages.
Les résultats récoltés sont :

• des échantillons des organismes biologiques,
• des échantillons d’eau ou de sédiments faisant ensuite l’objet de l’analyse de plusieurs paramètres physico-chimiques,
• des mesures in situ effectuées soit ponctuellement soit en continu,
• des observations dont le support matériel est une photographie ou une vidéo.

Tous les résultats font appels à des références : classification taxonomique des organismes vivants, liste de paramètre physico-chimiques et méthodes d’analyses correspondantes, etc.