Description générale
L'entête station comprend les informations obligatoires comme l'identifiant de la série temporelle, la date, l'heure, la localisation de la série ainsi que la liste des paramètres mesurés et leur unité. Les informations complémentaires sur les observations sont décrites après " *DC= " (pour Data collection), "*DM=" (pour Data Management) or "COMMENT".
- Le quatre premiers paramètres dans les fichiers doivent être les paramètres de référence, qui font référence au temps pour les séries temporelles :
- YEAR : Année (YYYY)
- MNTH : Mois (MM)
- DAYX : Jour dans le mois (DD)
- TIME : Heure dans le jour (HH24MISS)
- BP = Position début
- SL = Longueur de la chaîne
- MAND = Obligatoire si X dans la colonne
- NP = Nombre de paramètre mesurés incluant les quatre paramètres de référence (YEAR,MNTH,DAYX,TIME)
- NCO = Nombre de lignes de commentaires
LINE |
FIELD |
DESCRIPTION |
BP |
SL |
TYPE |
MAND |
1 |
start character |
'*' |
1 |
1 |
char |
X |
reference |
MEDATLAS ref.(cruise+station+cast) |
2 |
18 |
char |
X |
|
key word |
'Data Type=' |
21 |
10 |
char |
X |
|
data type |
31 |
3 |
char |
X |
||
2 |
date |
'*DATE=DDMMYYYY |
1 |
14 |
char |
X |
time |
'TIME=hhmm |
16 |
9 |
char |
X |
|
latitude N/S |
'LAT=N or S |
26 |
5 |
char |
X |
|
lat. degrees |
latitude degrees (0 to 90) |
31 |
2 |
char |
X |
|
lat. minutes |
latitude minutes.hundredth |
34 |
5 |
char |
X |
|
longitude E/W |
'LON=E or W |
40 |
5 |
char |
X |
|
long. degrees |
longitude degrees (0 to 180) |
45 |
3 |
char |
X |
|
long. minutes |
minutes.hundredth |
49 |
5 |
char |
X |
|
key word |
'DEPTH=' |
55 |
6 |
char |
X |
|
bottom depth |
bottom depth in metres (nothing if unknown) |
61 |
6 |
num |
||
key word |
'QC=' |
68 |
3 |
char |
X |
|
time flag |
QC flag on date and time |
71 |
1 |
num |
X |
|
lat. flag |
QC flag on latitude |
72 |
1 |
num |
X |
|
long. flag |
QC flag on longitude |
73 |
1 |
num |
X |
|
depth flag |
QC flag on bottom depth |
74 |
1 |
num |
X |
|
3 |
key word |
'*NB PARAMETERS= ' |
1 |
15 |
char |
X |
nb. of columns |
number of measured parameters (NP) |
16 |
2 |
num |
X |
|
key word |
'RECORD LINES=' |
19 |
13 |
char |
X |
|
number of lines |
number of observation records (NL) |
32 |
5 |
num |
X |
|
3+1to 3+NP |
1st character |
* |
1 |
1 |
char |
X |
code param. p |
Code for parameter p (SeadataNet P09 vocabulary list) |
2 |
4 |
char |
X |
|
parameter p |
parameter full name (SeadataNet P09 vocabulary list) |
7 |
30 |
char |
X |
|
unit param. p |
('IS unit') |
37 |
30 |
char |
X |
|
key word |
'def.=' |
68 |
5 |
char |
X |
|
default val. |
string of '9'.string of '9' same format as the parameter p |
73 |
nlen(np) |
num |
X |
|
4+NP |
key word |
'*GLOBAL PROFILE QUALITY FLAG=' |
1 |
29 |
char |
X |
profile QC |
global quality flag for the profile |
30 |
1 |
num |
X |
|
key word |
'GLOBAL PARAMETERS QC FLAGS=' |
32 |
27 |
char |
X |
|
profile QC |
global quality flags for the NP parameter |
50 |
NP |
num |
X |
|
5+NP |
key word + collect hist.1 |
'*DC HISTORY=' method or instrument used when the data was collected |
1 |
80 |
char |
X |
6+NP |
collect hist.2 |
'*'continuation |
1 |
80 |
char |
X |
7+NP |
key word + data manag.. hist.1 |
'*DM HISTORY=', data management history |
1 |
80 |
char |
X |
8+NP |
archv. hist.2 |
'*'continuation |
1 |
80 |
char |
X |
9+NPto 8+NP+NCO |
key word |
'*COMMENT' |
1 |
8 |
char |
X |
comment |
'*'comment line 1 |
1 |
80 |
char |
X |
|
comment |
'*'comment line n |
1 |
80 |
char |
||
9+NP+NCO |
key word + surface obs. 1 |
'*SURFACE SAMPLES=', samples |
1 |
80 |
char |
X |
10+NP+NCO |
surface obs. 2 |
'*'continuation |
1 |
80 |
char |
X |
Information Spécifique Pour SeaDataNet
Un ensemble de lignes de commentaires obligatoires doivent être insérées à la fin des commentaires de l'en-tête station, pour la compatibilité avec l'infrastructure de données Européenne SeaDataNet. Leur fonction est de pouvoir avoir une correspondance entre les codes utilisés dans le format MEDATLAS et ceux utilisés dans SeaDataNet.
Les commentaires doivent contenir les lignes suivantes, de façon consécutive : *SDN_parameter_mapping
Ce mot-clef est suivi d'une ligne par paramètre mesuré, cette ligne est composée de 3 éléments (ressemblant à des tags XML) :
- élément "subject" : Cet élément contient le code paramètre MEDATLAS prefixé par le texte ‘SDN:LOCAL:’
- élément "object" : Cet élément contient l'URN du code paramètre correspondant dans le vocabulaire SeaDataNet (liste P01 qui contient plus de 37 000 termes).
- élément "units" : Cet élément contient l'URN de l'unité du paramètre correspondante dans le vocabulaire SeaDataNet (liste P06).
Exemples pour l'écriture de ces lignes de mapping
*<subject>SDN:LOCAL:YEAR</subject><object>SDN:P01::YEARXXXX</object><units>SDN:P06::UUUU</units>
*<subject>SDN:LOCAL:MNTH</subject><object>SDN:P01::MNTHXXXX</object><units>SDN:P06::UUUU</units>
*<subject>SDN:LOCAL:DAYX</subject><object>SDN:P01::DAYXXXXX</object><units>SDN:P06::UUUU</units>
*<subject>SDN:LOCAL:TIME</subject><object>SDN:P01::AHMSAA01</object><units>SDN:P06::UHMS</units>
*<subject>SDN:LOCAL:HCSP</subject><object>SDN:P01::LCSAZZ01</object><units>SDN:P06::UVAA</units>
*<subject>SDN:LOCAL:HCDT</subject><object>SDN:P01::LCDAZZ01</object><units>SDN:P06::UAAA</units>
*<subject>SDN:LOCAL:EWCT</subject><object>SDN:P01::LCEWZZ01</object><units>SDN:P06::UVAA</units>
*EDMO_CODE = Code EDMO (European directory of Marine Organisation) du centre de données gérant les fichiers MEDATLAS
*LOCAL_CDI_ID = Identifiant de la station pour SeaDataNet
Pour garantir l'unicité du LOCAL_CDI_ID, celui-ci doit être la concaténation de la référence campagne MEDATLAS, des 5 derniers caractères du codes station et du "Data type" de la station.
Exemple de ligne LOCAL_CDI_ID valide
*LOCAL_CDI_ID = FI35199758001_00483_D01
Des liens vers des ressources externes peuvent être ajoutés de façon optionnelle pour pointer vers des pages Web liées aux données.
Exemple de liens vers des ressources externes
Lien vers la description web du CDI :
*<sdn_reference xlink:href="http://seadatanet.maris2.nl/v_cdi_v3/print_xml.asp?edmo=486&identifier=FI35199758001_04830_D01" xlink:role="isDescribedBy" xlink:type="SDN:L23::CDI"/>
Référence de la station de la série temporelle
Cette référence correspond à un code unique de 18 caractères (caractère 'blanc' non autorisé) qui est la concaténation de la référence campagne (13 caractères) et du numéro de station (5 caractères). Exemple : FI3519975800100483
- BP = Position début
- SL= Longueur de la chaîne
- MAND = Obligatoire si X dans la colonne
FIELD |
DESCRIPTION |
BP |
SL |
TYPE |
MAND. |
cruise reference |
Cruise reference to which the station belongs |
1 |
13 |
char |
X |
station number |
station reference |
4 |
char |
X |
Détails
Premier caractère des lignes d'entête
Toutes les lignes commencent avec le caractère " * ".
Latitude et Longitude
Pour éviter toute ambiguïté, N/S et E/W sont ajoutés à la latitude et la longitude au lieu de signes.
Informations manquantes
Les heures non renseignées doivent être égales à 9999 et le commentaire 'Heure inconnue' peut être ajouté après COMMENT.
Autres informations manquantes : mettre 'Inconnu' pour les chaînes de caractères où '9' pour les valeur numériques 'DEPTH=999999' par exemple.
Liste détaillée des paramètres
Le premier paramètre mesuré doit être le paramètre de référence, qui, pour les séries temporelles est le temps, qui est référencé par les quatre paramètres suivants :
- YEAR : Année (YYYY)
- MNTH : Mois (MM)
- DAYX : Jour dans le mois (DD)
- TIME : Heure dans le jour (HH24MISS)
La liste des paramètres mesurés (pression, température, salinité, nutritifs) comprend le code paramètre (Liste SeaDataNet P09), son nom (Liste SeaDataNet P09), son unité (Système international) et sa valeur par défaut (pour les valeurs manquantes). Un même paramètre mesuré sous 2 unités différentes a 2 codes P09 différents.
Informations complémentaires sur les données
Pour conserver de la flexibilité dans le format et pour ne pas perdre des informations complémentaires existantes (sur la collecte, le traitement des données) trois champs spécifiques ont été introduits dans le format.
*DC HISTORY pour les informations liées à la collecte des données en mer (instrument, calibration, ...).
*DM HISTORY pour les informations liées à la gestion de données et à l'archivage (comme, par exemple, la latitude d'origine, si elle a été changée au cours du contrôle qualité).
*COMMENT Pour toutes les données et méta-données complémentaire comme la date et la position à la fin du profil, les observations météorologiques. Le nombre de lignes commentaire n'est pas limité.
Il faut éviter d'utiliser des mots-clefs du format dans ces lignes. Par exemple, pour les caractéristiques de la fin de la station, utiliser EDATE=, ETIME= ELAT=, ELON=, EDEPTH (et non pas DATE, TIME, LAT, LON, DEPTH).
Pour les séries temporelles 5 lignes doivent être ajoutées dans les commentaires de l'entête :
LINE |
FIELD |
DESCRIPTION |
BP |
SL |
TYPE |
MAND |
1 |
key word |
'*ADDITIONNAL INFORMATION - TIME SERIES |
1 |
38 |
char |
X |
2 |
key word |
'*EDATE='' |
1 |
7 |
date |
X |
end date |
End date of the time serie : format DDMMYYYY |
8 |
8 |
char |
X |
|
key word |
'ETIME=' |
17 |
6 |
char |
X |
|
end time |
End time of the time serie : format hhmm |
23 |
4 |
time |
X |
|
key word |
'ELAT=' |
28 |
5 |
char |
X |
|
end latitude |
End latitude of the time serie : N(or S)dd mm.99 |
33 |
9 |
lat. |
X |
|
key word |
'ELON=' |
43 |
5 |
char |
X |
|
end longitude |
End longitude of the time serie : E(or W)ddd mm.99 |
48 |
10 |
long. |
X |
|
key word |
'EDEPTH=' |
59 |
7 |
char |
X |
|
end depth |
End bottom depth of the time serie |
66 |
6 |
num |
|
|
key word |
'QC=' |
73 |
3 |
char |
X |
|
time flag |
QC flag on end date and end time |
76 |
1 |
num |
X |
|
lat. flag |
QC flag on end latitude |
77 |
1 |
num |
X |
|
long. flag |
QC flag on end longitude |
78 |
1 |
num |
X |
|
depth flag |
QC flag on end bottom depth |
79 |
1 |
num |
X |
|
3 |
key word |
'*SENSOR DEPTH=' |
1 |
14 |
char |
X |
sensor depth |
Nominal sensor depth in meters |
15 |
5 |
num |
X |
|
key word |
'(metre)' |
21 |
7 |
char |
X |
|
key word |
'DISTANCE TO BOTTOM=' |
40 |
19 |
char |
X |
|
dist. bottom |
Distance to bottom in meters |
59 |
5 |
num |
||
key word |
'(metre)' |
65 |
7 |
char |
||
key word |
'QC=' |
73 |
3 |
char |
X |
|
depth flag |
QC flag on sensor depth |
76 |
1 |
num |
X |
|
dist. flag |
QC flag on distance to bottom |
77 |
1 |
num |
X |
|
4 |
key word |
'*DURATION=' |
1 |
10 |
char |
X |
duration |
Time serie duration in days |
11 |
5 |
num |
||
key word |
(day) |
17 |
5 |
char |
||
key word |
QC= |
73 |
3 |
char |
X |
|
duration flag |
QC flag on the duration of the time serie |
76 |
1 |
char |
X |
|
5 |
key word |
'*SAMPLING RATE=' |
1 |
15 |
char |
X |
samp. rate |
Sampling rate in seconds |
16 |
5 |
num |
||
key word |
(second) |
22 |
8 |
char |
||
key word |
'MAGNETIC DECLINATION=' |
40 |
21 |
char |
X |
|
mag. decl. |
Magnetic declination in degrees (format 99.9), default value = -999 |
61 |
4 |
num |
X |
|
key word |
(degree) |
66 |
8 |
char |
X |
Dernière ligne
La dernière ligne de l'entête station commence par le caractère '*' suivi des codes P09 des paramètres comme titre des colonnes de mesures. L'ordre des colonnes doit être celui donné dans la liste détaillée des paramètres mesurés.